Mərkəzdə fəaliyyət göstərən Elmi-Bərpa Şurası bərpaçıların ən yaxşı və etibarlı istiqamətləndiricisidir. Bu şuraya görkəmli alim və sənət adamları, həmçinin mərkəzin səriştəli mütəxəssisləri daxildir. Şuranın üzvləri- Azərbaycan MEA-nin Arxeologiya və Etnoqrafiya İnstitututnun «Arxeoloji abidələrin bərpası və konservasiyası» qrupunu müdir, memarlıq doktoru Vilayət Kərimov, Azərbaycan Rəssamlar İttifaqı sədrinin müavini, xalq rəssamı Ağəli İbrahimov, Azərbaycan MEA-nın Memarlıq və İncəsənət İnstitutunun aparıcı elmi işçisi, sənətşünaslıq doktoru Cəmilə Həsənzadə, xalçaçı-rəssam, Azərbaycan Rəssamlar İttifaqının üzvü Tariyel Bəşirov, mərkəzin direktoru Zərifə Məlikova, baş mühafiz İranə İbrahimova, ali dərəcəli bərpaçı-rəssam Natiq Səfərov, elmi tədqiqat şöbəsinin müdiri Ülviyyə Şirinova və bərpaçılar bərpa öncəsi və bərpadan sonra əşyaları nəzərdən keçirir, təklif olunan bərpa və konservasiya üsullarını müzakirə edir və əşyaların bərpa vəziyyətini qiymətləndirir, tövsiyələr verir.